Weitere Operationen der Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie betreffen angeborene Fehlbildungen wie z. B. Lippen-,
Kiefer-, Gaumenspalten. Je nach Spaltbildung wird ein möglichst frühzeitiger operativer Verschluss durch ein- oder zweizeitigem Lippenverschluss, Weichgaumen- und Hartgaumenverschluss angestrebt. Bei der Zeitwahl der Eingriffe spielen die optimalen Voraussetzungen für das beste funktionelle und ästhetische Ergebnis eine Rolle. Auch Sekundärkorrekturen von Weichteilen und knöchernen Strukturen sind in funktioneller und ästhetischer Hinsicht möglich. Ein interdisziplinäres Konzept zur Behandlung aller Aspekte ist von großer Bedeutung.

Bei der Behandlung von Tumorerkrankungen ist zwischen gutartigen und bösartigen Läsionen zu unterscheiden. Gutartige Tumoren innerhalb der Mundhöhle und auch extraoral werden durch operative Eingriffe entfernt, je nach Ausdehnung können dabei auch wiederherstellende Maßnahmen erforderlich sein. Bei bösartigen Tumorerkrankungen sind nach Verifizierung häufig interdisziplinäre Behandlungskonzepte von Bedeutung und die rekonstruktiven Eingriffe reichen bis zur mikrovaskulären Transplantation.

Auch entzündliche Erkrankungen im Mund-, Kiefer- und Gesichtsbereich (Weichteilentzündungen – z. B. Speicheldrüsen – oder Knochenentzündungen) können eine chirurgische Therapie erfordern.